生物肥中的一些根瘤菌和固氮细菌能吸收氮营养，增加土壤中氮的来源，而多种磷钾溶菌可使土壤中不溶性磷钾分解转化为磷钾化合物，增加作物生长环境中养分元素的供给。施用某些微生物肥料也能增加土壤中的有机质，促进土壤团聚体结构的形成，提高土壤肥力。
长期使用可以使原本相对压实的土壤柔软透气，且保水保肥性能也得到改善。肥料中的有益微生物在作物根周围生长繁殖，形成优势菌群，占据病原微生物的生存空间，防止病原微生物对作物的攻击。
使用后，赤霉素、生长素等微生物等生理活性物质，促进作物生长发育，特别是根系发育。发达的根系增加了作物的养分吸收能力，促进了作物的生长发育。特别是对一些光合细菌制剂，在作物叶片上喷洒后，作物枝叶繁茂，叶面积增加，增强了作物的光合作用，加速了作物生长，早熟，果实多，产量高。
微生物的活性使土壤养分供应平衡，防止作物过度吸收氮肥。蛋白质、糖、维生素含量增加，硝酸盐含量降低，作物品质明显提高，口感好，保存时间延长。
生物肥具有良好的肥料效率，能提高作物的抗病性。微生物肥料的使用，可以减少化肥用量30%，同时减少农药用量，从而减少环境污染，减少农药残留，促进我国农业可持续发展。
